La Superintendencia de Educación será el organismo encargado de fiscalizar la mantención de los requisitos que dieron origen al reconocimiento oficial del Estado. En caso de pérdida de alguno de los requisitos para ser reconocido oficialmente; de incumplimiento de las normas de la Ley General de Educación, o en el caso de obtención de resultados educativos reiteradamente deficientes respecto de los estándares nacionales, y oído previamente el sostenedor o representante legal, el establecimiento educacional podrá ser sancionado de conformidad a lo establecido en dicha norma. Asimismo, le corresponderá fiscalizar el cumplimiento de las normas de la Ley de Subvenciones y normas complementarias por parte de los establecimientos educacionales subvencionados. En caso de infracción, y sin perjuicio de la responsabilidad penal que proceda, podrá aplicar sanciones administrativas. Mientras no entre en plena operación la Superintendencia de Educación, sus funciones son ejercidas por el Ministerio de Educación.

El proceso administrativo se inicia con una resolución que ordena instruir el proceso administrativo correspondiente, formulando cargos al establecimiento educacional respecto de una o más infracciones a la normativa. Dicha resolución es notificada al sostenedor, quien posee el derecho de formular sus descargos y acompañar los antecedentes que estime necesarios. Con dichos antecedentes probatorios más aquellos que se reúnan durante el procedimiento, la autoridad dicta una resolución de término, que aprueba el proceso y aplica sanción o bien sobresee total o parcialmente los cargos formulados. Dicha resolución es impugnable ante un superior jerárquico, sin perjuicio de los recursos legales que procedan.