La Sección Pagos de Subvenciones dependiente de la Coordinación Nacional de Subvenciones está conformada por equipos de funcionarios cumplen funciones en los Niveles Provinciales, Regionales y Nivel Central.

La función principal de la Sección Pagos de Subvenciones es generar los pagos de las subvenciones establecidas en el DFL Nº 2 de 1998, y normas complementarias, a los sostenedores de los establecimientos subvencionados, tanto del sector municipal como del particular subvencionado, pagos que se realizan mediante transferencias electrónicas bancarias a las cuentas de depósito de los sostenedores.

Para el logro de tal objetivo, la captura y procesamiento de la información que permite la generación de los pagos, se apoya en aplicativos web y otras herramientas de orden computacional, por lo que es fundamental el apoyo del Departamento de Tecnología del Ministerio de Educación en la mantención de las bases de datos y la disponibilidad de los aplicativos que requieren los sostenedores para la entrega oportuna de la información.

Las liquidaciones de los pagos de subvenciones, asignaciones especiales y bonos son publicadas en el sitio web de la Comunidad Escolar, Zona Privada, a la que tienen acceso los sostenedores con las claves asignadas.

Toda información o consulta que requieran los sostenedores, como la entrega de antecedentes que sean requeridos para los pagos de las subvenciones, debe ser gestionada a través de los Encargados de Pagos de los Departamentos Provinciales de Educación.